义和团运动和侵略战争是嘉靖本遭到破坏的重要原因。光绪二十六年(1900年),翰林书院被义和团运动烧毁,永乐大典的一部分被英国使馆工作人员运到英国使馆,很多使馆工作人员趁机私自盗走。八国联军侵吞北京后,“永乐大典”的一部分被盟军士兵据为己有。据统计,《永乐大典》在“庚子之变”中至少丢失了605册。
根据英国牛津大学博德利图书馆何定国的《欧洲图书馆中的永乐大典》摘要记载,许多保存在欧洲的永乐大典是西方直接从翰林书院“收购”而来的。与此同时,英国上校普尔偷了一卷,英国驻华领事翟兰思至少偷了五卷,英国比金偷了两卷,英国士兵蒂克纳偷了一卷,英国大使馆实习发言人柯克偷了六卷,英国海关专员劳德偷了一卷,德国斯坦纳偷了三卷。
此外,还有日本留学生菅野健一、记者Seiji Seiji等。还趁火盗走了多卷《永乐大典》。